理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター RIKEN Center for Life Science Technologies

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研究・技術

ゲノミクス微量技術開発ユニット

Population transcriptomics

ユニットリーダー
PLESSY Charles   Ph.D.

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22

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研究内容

当ユニットでは、Population transcriptomicsを用いて生物学的試料を含有するRNAにごとに分類し、単一細胞からなる細胞集団として記述するための方法を開発しています。この新たな手法を用いて数万個の個別細胞から得たシーケンスライブラリーを比較します。Population transcriptomicsは、バイオマーカーの発見とモニタリングに貢献し、薬物治療および細胞の再プログラム化への影響に関するあらゆる研究を高分解能で行えるようにするものと期待されます。

論文

1

Targeted reduction of highly abundant transcripts using pseudo-random primers.

Arnaud O, Kato S, Poulain S, Plessy C
Biotechniques, 60(4), 169-174 (2016).
2

Digital expression profiling of the compartmentalized translatome of Purkinje neurons

Kratz A, Beguin P, Kaneko M, Chimura T, Suzuki AM, Matsunaga A, Kato S, Bertin N, Lassmann T, Vigot R, Carninci P, Plessy C, Launey T.
Genome Res, 24(8), 1396-1410 (2014).
3

Multiplicity of 5 ' Cap Structures Present on Short RNAs

Abdelhamid RF, Plessy C, Yamauchi Y, Taoka M, de Hoon M, Gingeras TR, Isobe T, Carninci P.
PLoS One, 9(7), e102895 (2014).
4

Two independent transcription initiation codes overlap on vertebrate core promoters.

Haberle V, Li N, Hadzhiev Y, Plessy C, Previti C, Nepal C, Gehrig J, Dong X, Akalin A, Suzuki AM, van IJcken WF, Armant O, Ferg M, Strähle U, Carninci P, Müller F, Lenhard B.
Nature, 507(7492), 381-385 (2014).
5

Comparison of RNA- or LNA-hybrid oligonucleotides in template-switching reactions for high-speed sequencing library preparation

Harbers M, Kato S, de Hoon M, Hayashizaki Y, Carninci P, Plessy C.
BMC Genomics, 14, 665 (2013).
7

Suppression of artifacts and barcode bias in high-throughput transcriptome analyses utilizing template switching.

Tang DT, Plessy C, Salimullah M, Suzuki AM, Calligaris R, Gustincich S, Carninci P.
Nucleic Acids Res, 41(3), e44 (2013).
8

Promoter architecture of mouse olfactory receptor genes.

Plessy C, Pascarella G, Bertin N, Akalin A, Carrieri C, Vassalli A, Lazarevic D, Severin J, Vlachouli C, Simone R, Faulkner GJ, Kawai J, Daub CO, Zucchelli S, Hayashizaki Y, Mombaerts P, Lenhard B, Gustincich S, Carninci P.
Genome Res, 22(3), 486-497 (2012).
9

Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan.

Plessy C, Bertin N, Takahashi H, Simone R, Salimullah M, Lassmann T, Vitezic M, Severin J, Olivarius S, Lazarevic D, Hornig N, Orlando V, Bell I, Gao H, Dumais J, Kapranov P, Wang H, Davis CA, Gingeras TR, Kawai J, Daub CO, Hayashizaki Y, Gustincich S, Carninci P.
Nat Methods , 7(7), 528-534 (2010).
10

Tunable fractionation of nucleic acids

Salimullah M, Kato S, Murata M, Kawazu C, Plessy C, Carninci P.
Biotechniques, 47(6), 1041-1043 (2009).
11

High-throughput verification of transcriptional starting sites by Deep-RACE.

Olivarius S, Plessy C, Carninci P.
Biotechniques, 46(2), 130-132 (2009).

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メンバー  *:兼務