理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター RIKEN Center for Life Science Technologies

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研究・技術

細胞機能変換技術研究チーム

チームリーダー
鈴木 治和   Ph.D.

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22

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研究内容

再生医療には様々な有用細胞を得る必要がありますが、iPS細胞のように受精卵に近い状態に戻してから細胞を得るのみならず、分化細胞から直接に変換することも可能です。こういった直接の細胞機能変換を目指して、細胞の転写状態、転写制御ネットワーク、エピゲノム、ノンコーディングRNAの知識を統合して、ゲノム領域特異的なエピゲノム修飾変換法を含む新たな技術開発を行います。こうした技術は幹細胞の分化や安全性の研究や、疾患治療にも応用が期待されます。さらに、転写制御ネットワーク解析法の幅広い応用を目指した研究も行っています。

論文

1

An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends.

Hon CC, Ramilowski JA, Harshbarger J, Bertin N, Rackham OJ, Gough J, Denisenko E, Schmeier S, Poulsen TM, Severin J, Lizio M, Kawaji H, Kasukawa T, Itoh M, Burroughs AM, Noma S, Djebali S, Alam T, Medvedeva YA, Testa AC15, Lipovich L, Yip CW, Abugessaisa I, Mendez M, Hasegawa A, Tang D, Lassmann T, Heutink P, Babina M, Wells CA, Kojima, Nakamura Y, Suzuki H, Daub CO, de Hoon MJ, Arner E, Hayashizaki Y, Carninci P, Forrest AR.
Nature, 543(7644), 199-204 (2017).
2

Asymmetric Regulation of Peripheral Genes by Two Transcriptional Regulatory Networks.

Li JR, Suzuki T, Nishimura H, Kishima M, Maeda S, Suzuki H.
PLoS One., 11(8), e0160459 (2016).
3

Enhanced Identification of Transcriptional Enhancers Provides Mechanistic Insights into Diseases.

Murakawa Y, Yoshihara M, Kawaji H, Nishikawa M, Zayed H, Suzuki H, Fantom Consortium, Hayashizaki Y.
Trends Genet., 32(2), 76-88 (2016).
4

A predictive computational framework for direct reprogramming between human cell types

Rackham OJ, Firas J,, Fang H, Oates ME, Holmes ML,, Knaupp AS,; FANTOM Consortium, Suzuki H, Nefzger CM,, Daub CO,, Shin JW, Petretto E, Forrest AR,, Hayashizaki Y, Polo JM,, Gough J.
Nat Genet, 48(3), 331-335 (2016).
5

Batf2/Irf1 Induces Inflammatory Responses in Classically Activated Macrophages, Lipopolysaccharides, and Mycobacterial Infection.

Roy S, Guler R, Parihar SP, Schmeier S, Kaczkowski B, Nishimura H, Shin JW, Negishi Y, Ozturk M, Hurdayal R, Kubosaki A, Kimura Y, de Hoon MJ, Hayashizaki Y, Brombacher F, Suzuki H.
J Immunol, 194(12), 6035-6044 (2015).
6

Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells.

Arner E, Daub CO, Vitting-Seerup K, Andersson R, Lilje B, Drabløs F, Lennartsson A, Rönnerblad M, Hrydziuszko O, Vitezic M, Freeman TC, Alhendi AM, Arner P, Axton R, Baillie JK, Beckhouse A, Bodega B, Briggs J, Brombacher F, Davis M, Detmar M, Ehrlund A, Endoh M, Eslami A, Fagiolini M, Fairbairn L, Faulkner GJ, Ferrai C, Fisher ME, Forrester L, Goldowitz D, Guler R, Ha T, Hara M, Herlyn M, Ikawa T, Kai C, Kawamoto H, Khachigian LM, Klinken SP, Kojima S, Koseki H, Klein S, Mejhert N, Miyaguchi K, Mizuno Y, Morimoto M, Morris KJ, Mummery C, Nakachi Y, Ogishima S, Okada-Hatakeyama M, Okazaki Y, Orlando V, Ovchinnikov D, Passier R, Patrikakis M, Pombo A, Qin XY, Roy S, Sato H, Savvi S, Saxena A, Schwegmann A, Sugiyama D, Swoboda R, Tanaka H, Tomoiu A, Winteringham LN, Wolvetang E, Yanagi-Mizuochi C, Yoneda M, Zabierowski S, Zhang P, Abugessaisa I, Bertin N, Diehl AD, Fukuda S, Furuno M, Harshbarger J, Hasegawa A, Hori F, Ishikawa-Kato S, Ishizu Y, Itoh M, Kawashima T, Kojima M, Kondo N, Lizio M, Meehan TF, Mungall CJ, Murata M, Nishiyori-Sueki H, Sahin S, Nagao-Sato S, Severin J, de Hoon MJ, Kawai J, Kasukawa T, Lassmann T, Suzuki H, Kawaji H, Summers KM, Wells C; FANTOM Consortium, Hume DA, Forrest AR, Sandelin A, Carninci P, Hayashizaki Y.
Science, 347(6225), 1010-1014 (2015).
7

A transient disruption of fibroblastic transcriptional regulatory network facilitates trans-differentiation.

Tomaru Y, Hasegawa R, Suzuki T, Sato T, Kubosaki A, Suzuki M, Kawaji H, Forrest AR, Hayashizaki Y; FANTOM Consortium, Shin JW, Suzuki H.
Nucleic Acids Research, 42(14), 8905-8913 (2014).
8

A promoter-level mammalian expression atlas

FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT)
Nature, 507(7493), 462-470 (2014).
9

An atlas of active enhancers across human cell types and tissues

Andersson R, Gebhard C, Miguel-Escalada I, Hoof I, Bornholdt J, Boyd M, Chen Y, Zhao X, Schmidl C, Suzuki T, Ntini E, Arner E, Valen E, Li K, Schwarzfischer L, Glatz D, Raithel J, Lilje B, Rapin N, Bagger FO, Jørgensen M, Andersen PR, Bertin N, Rackham O, Burroughs AM, Baillie JK, Ishizu Y, Shimizu Y, Furuhata E, Maeda S, Negishi Y, Mungall CJ, Meehan TF, Lassmann T, Itoh M, Kawaji H, Kondo N, Kawai J, Lennartsson A, Daub CO, Heutink P, Hume DA, Jensen TH, Suzuki H, Hayashizaki Y, Müller F; FANTOM Consortium, Forrest AR, Carninci P, Rehli M, Sandelin A.
Nature, 507(7493), 455-461 (2014).
10

Capturing drug responses by quantitative promoter activity profiling.

Kajiyama K, Okada-Hatakeyama M, Hayashizaki Y, Kawaji H, Suzuki H.
CPT Pharmacometrics Syst Pharmacol, 2, e77 (2013).

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メンバー  *:兼務