理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター RIKEN Center for Life Science Technologies

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研究・技術

エピゲノム技術開発ユニット

エピゲノムの暗号を解く

ユニットリーダー
蓑田 亜希子   Ph.D.

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22 W421
Tel: 045-503-9309 (内線 8113)

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研究内容

細胞内の全DNAの塩基配列情報をさす「ゲノム」に対し、DNAの化学修飾や構造変化などで細胞の個性を記憶する情報を「エピゲノム」とよびます。エピゲノムはがん化など細胞の異常にも関わっている可能性があり、個々の疾患に関わるエピゲノムを解析することが診断や創薬に重要です。当ユニットは新規の次世代技術シーズ、特に、ヒストン修飾のコンビネーションを解析できるエピゲノム解析法を開発します。

論文

1

Comparative analysis of metazoan chromatin organization.

Ho JW, Jung YL, Liu T, Alver BH*, Lee S, Ikegami K*, Sohn KA*, Minoda A*, Tolstorukov MY*, Appert A*, Parker SC*, Gu T*, Kundaje A*, Riddle NC*, Bishop E*, Egelhofer TA*, Hu SS*, Alekseyenko AA*, Rechtsteiner A*, Asker D*, Belsky JA, Bowman SK, Chen QB, Chen RA, Day DS, Dong Y, Dose AC, Duan X, Epstein CB, Ercan S, Feingold EA, Ferrari F, Garrigues JM, Gehlenborg N, Good PJ, Haseley P, He D, Herrmann M, Hoffman MM, Jeffers TE, Kharchenko PV, Kolasinska-Zwierz P, Kotwaliwale CV, Kumar N, Langley SA, Larschan EN, Latorre I, Libbrecht MW, Lin X, Park R, Pazin MJ, Pham HN, Plachetka A, Qin B, Schwartz YB, Shoresh N, Stempor P, Vielle A, Wang C, Whittle CM, Xue H, Kingston RE, Kim JH, Bernstein BE, Dernburg AF, Pirrotta V, Kuroda MI, Noble WS, Tullius TD, Kellis M, MacAlpine DM, Strome S, Elgin SC, Liu XS, Lieb JD, Ahringer J, Karpen GH, Park PJ.
*Co-second authors
Nature, 512(7515), 449-452 (2014).
2

Impact of sequencing depth in ChIP-seq experiments

Jung YL, Luquette LJ, Ho JW, Ferrari F, Tolstorukov M, Minoda A, Issner R, Epstein CB, Karpen GH, Kuroda MI, Park PJ.
Nucleic Acids Res, 42(9), e74 (2014).
3

Nature and function of insulator protein binding sites in the Drosophila genome.

Schwartz YB, Linder-Basso D, Kharchenko PV, Tolstorukov MY, Kim M, Li HB, Gorchakov AA, Minoda A, Shanower G, Alekseyenko AA, Riddle NC, Jung YL, Gu T, Plachetka A, Elgin SC, Kuroda MI, Park PJ, Savitsky M, Karpen GH, Pirrotta V.
Genome Res, 22(11), 2188-2198 (2012).
4

Enrichment of HP1a on Drosophila chromosome 4 genes creates an alternate chromatin structure critical for regulation in this heterochromatic domain.

Riddle NC, Jung YL, Gu T, Alekseyenko AA, Asker D, Gui H, Kharchenko PV, Minoda A, Plachetka A, Schwartz YB, Tolstorukov MY, Kuroda MI, Pirrotta V, Karpen GH, Park PJ, Elgin SC.
PLoS Genet, 8(9), e1002954. (2012).
5

Sequence-specific targeting of dosage compensation in Drosophila favors an active chromatin context.

Alekseyenko AA, Ho JW, Peng S, Gelbart M, Tolstorukov MY, Plachetka A, Kharchenko PV, Jung YL, Gorchakov AA, Larschan E, Gu T, Minoda A, Riddle NC, Schwartz YB, Elgin SC, Karpen GH, Pirrotta V, Kuroda MI, Park PJ.
PLoS Genet, 8(4), e1002646 (2012).
6

Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster.

Kharchenko PV, Alekseyenko AA, Schwartz YB, Minoda A, Riddle NC, Ernst J, Sabo PJ, Larschan E, Gorchakov AA, Gu T, Linder-Basso D, Plachetka A, Shanower G, Tolstorukov MY, Luquette LJ, Xi R, Jung YL, Park RW, Bishop EP, Canfield TK, Sandstrom R, Thurman RE, MacAlpine DM, Stamatoyannopoulos JA, Kellis M, Elgin SC, Kuroda MI, Pirrotta V, Karpen GH, Park PJ.
Nature, 471(7339), 480-485 (2011).
7

Double-strand breaks in heterochromatin move outside of a dynamic HP1a domain to complete recombinational repair.

Chiolo I, Minoda A, Colmenares SU, Polyzos A, Costes SV, Karpen GH.
Cell, 144(5), 732-744 (2011).
8

Plasticity in patterns of histone modifications and chromosomal proteins in Drosophila heterochromatin.

Riddle NC*, Minoda A*, Kharchenko PV*, Alekseyenko AA, Schwartz YB, Tolstorukov MY, Gorchakov AA, Jaffe JD, Kennedy C, Linder-Basso D, Peach SE, Shanower G, Zheng H, Kuroda MI, Pirrotta V, Park PJ, Elgin SC, Karpen GH.
*Co-first authors
Genome Res, 21(2), 147-163 (2011).
9

An assessment of histone-modification antibody quality.

Egelhofer TA*, Minoda A*, Klugman S*, Lee K, Kolasinska-Zwierz P, Alekseyenko AA, Cheung MS, Day DS, Gadel S, Gorchakov AA, Gu T, Kharchenko PV, Kuan S, Latorre I, Linder-Basso D, Luu Y, Ngo Q, Perry M, Rechtsteiner A, Riddle NC, Schwartz YB, Shanower GA, Vielle A, Ahringer J, Elgin SC, Kuroda MI, Pirrotta V, Ren B, Strome S, Park PJ, Karpen GH, Hawkins RD, Lieb JD.
*Co-first authors
Nat Struct Mol Biol, 18(1), 91-93 (2011).
10

Identification of functional elements and regulatory circuits by Drosophila modENCODE.

modENCODE Consortium, Roy S, Ernst J, Kharchenko PV, Kheradpour P, Negre N, Eaton ML, Landolin JM, Bristow CA, Ma L, Lin MF, Washietl S, Arshinoff BI, Ay F, Meyer PE, Robine N, Washington NL, Di Stefano L, Berezikov E, Brown CD, Candeias R, Carlson JW, Carr A, Jungreis I, Marbach D, Sealfon R, Tolstorukov MY, Will S, Alekseyenko AA, Artieri C, Booth BW, Brooks AN, Dai Q, Davis CA, Duff MO, Feng X, Gorchakov AA, Gu T, Henikoff JG, Kapranov P, Li R, MacAlpine HK, Malone J, Minoda A, Nordman J, Okamura K, Perry M, Powell SK, Riddle NC, Sakai A, Samsonova A, Sandler JE, Schwartz YB, Sher N, Spokony R, Sturgill D, van Baren M, Wan KH, Yang L, Yu C, Feingold E, Good P, Guyer M, Lowdon R, Ahmad K, Andrews J, Berger B, Brenner SE, Brent MR, Cherbas L, Elgin SC, Gingeras TR, Grossman R, Hoskins RA, Kaufman TC, Kent W, Kuroda MI, Orr-Weaver T, Perrimon N, Pirrotta V, Posakony JW, Ren B, Russell S, Cherbas P, Graveley BR, Lewis S, Micklem G, Oliver B, Park PJ, Celniker SE, Henikoff S, Karpen GH, Lai EC, MacAlpine DM, Stein LD, White KP, Kellis M.
Science, 330(6012), 1787-1797 (2010).

メンバー  *:兼務

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