理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター RIKEN Center for Life Science Technologies

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研究・技術

制御分子設計研究チーム

チームリーダー
本間 光貴   Ph.D.

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
Tel: 045-503-9433

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研究内容

創薬研究が進んだ現在、低分子医薬品を開発しやすい標的分子の多くは、すでにやり尽くされつつあります。一方で、難治性のがん、アルツハイマー病、遺伝病に加え、新しい感染症のリスクは増大しており、これまでにない革新的な新薬に対するニーズは非常に強いものがあります。当チームは、新薬の対象として低分子だけではなく、タンパク質・核酸のすべての分子種を自在に設計し、次世代創薬及び生命システムの解明を加速する研究を行います。また、低分子が結合しに くいターゲットに対するFragment-based Drug Discovery (FBDD)の技術開発も実施します。

研究室で開発しているインシリコスクリーニング技術

論文

1

A small-molecule AdipoR agonist for type 2 diabetes and short life in obesity

Okada-Iwabu M, Yamauchi T, Iwabu M, Honma T, Hamagami K, Matsuda K, Yamaguchi M, Tanabe H, Kimura-Someya T, Shirouzu M, Ogata H, Tokuyama K, Ueki K, Nagano T, Tanaka A, Yokoyama S, Kadowaki T.
Nature, 503(7477), 493-499 (2013).
2

A Pyrrolo-Pyrimidine Derivative Targets Human Primary AML Stem Cells in Vivo

Saito Y, Yuki H, Kuratani M, Hashizume Y, Takagi S, Honma T, Tanaka A, Shirouzu M, Mikuni J, Handa N, Ogahara I, Sone A, Najima Y, Tomabechi Y, Wakiyama M, Uchida N, Tomizawa-Murasawa M, Kaneko A, Tanaka S, Suzuki N, Kajita H, Aoki Y, Ohara O, Shultz LD, Fukami T, Goto T, Taniguchi S, Yokoyama S, Ishikawa F.
Sci Transl Med, 5(181), 181ra52 (2013).
3

Prediction of ligand-induced structural polymorphism of receptor interaction sites using machine learning.

Takaya D, Sato T, Yuki H, Sasaki S, Tanaka A, Yokoyama S, Honma T.
J Chem Inf Model, 53(3), 704-716 (2013).
4

Structure of the trypanosome cyanide-insensitive alternative oxidase.

Shiba T, Kido Y, Sakamoto K, Inaoka DK, Tsuge C, Tatsumi R, Takahashi G, Balogun EO, Nara T, Aoki T, Honma T, Tanaka A, Inoue M, Matsuoka S, Saimoto H, Moore AL, Harada S, Kita K.
Proc Natl Acad Sci U S A, 110(12), 4580-4585 (2013).
5

Identification of novel drug-resistant EGFR mutant inhibitors by in silico screening using comprehensive assessments of protein structures.

Sato T, Watanabe H, Tsuganezawa K, Yuki H, Mikuni J, Yoshikawa S, Kukimoto-Niino M, Fujimoto T, Terazawa Y, Wakiyama M, Kojima H, Okabe T, Nagano T, Shirouzu M, Yokoyama S, Tanaka A, Honma T.
Bioorg Med Chem, 20(12), 3756-3767 (2012).
6

A novel Pim-1 kinase inhibitor targeting residues that bind the substrate peptide.

Tsuganezawa K, Watanabe H, Parker L, Yuki H, Taruya S, Nakagawa Y, Kamei D, Mori M, Ogawa N, Tomabechi Y, Handa N, Honma T, Yokoyama S, Kojima H, Okabe T, Nagano T, Tanaka A.
J Mol Biol, 417(3), 240-252 (2012).
7

Prediction of sites of metabolism in a substrate molecule, instanced by carbamazepine oxidation by CYP3A4.

Yuki H, Honma T, Hata M, Hoshino T.
Bioorg Med Chem, 20(2), 775-783 (2012).
8

Combining machine learning and pharmacophore-based interaction fingerprint for in silico screening.

Sato T, Honma T, Yokoyama S.
J Chem Inf Model, 50(1), 170-185 (2010).
9

In silico functional profiling of small molecules and its applications.

Sato T, Matsuo Y, Honma T, Yokoyama S.
J Med Chem, 51(24), 7705-7716 (2008).
10

Predicting human liver microsomal stability with machine learning techniques.

Sakiyama Y, Yuki H, Moriya T, Hattori K, Suzuki M, Shimada K, Honma T.
J Mol Graph Model, 26(6), 907-915 (2008).

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メンバー  *:兼務