理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター RIKEN Center for Life Science Technologies

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研究・技術

ゲノム情報解析チーム

チームリーダー
CARNINCI Piero   Ph.D.

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22

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研究内容

ゲノム情報解析チームはバイオインフォマティクスの研究者を多く擁するチームです。私たちのチームでは、トランスクリプトームの大規模データセットを解析し、鍵となる因子や新規RNAの同定、転写制御ネットワークの予測に注力しています。 哺乳動物の転写制御ネットワークを理解するためには、まず対象となる細胞に関係する転写因子に着目し、ハイスループットスクリーニングによるデータセットを解析し、ネットワーク上にマッピングすることが必要です。 今後はこの方法を数年かけて改良するとともに、小規模データから公開データにわたって網羅的な検索・参照を可能にする大規模統合データベースの開発にも注力します。また、当チームはデータ解析だけではなく、個々の細胞モデルを扱う実験研究者との緊密な共同研究を行います。さらに、そのための実験器具も備えています。その他のテーマとして、non-cording RNA、細胞種の定義, ほ乳類における細胞間相互作用や、がんのバイオマーカー等の分野で積極的な研究を進めています。

論文

1

Redefinition of the human mast cell transcriptome by deep-CAGE sequencing.

Motakis E, Guhl S, Ishizu Y, Itoh M, Kawaji H, de Hoon M, Lassmann T, Carninci P, Hayashizaki Y, Zuberbier T, Forrest AR, Babina M; FANTOM consortium.
Blood, 123(17), e58-e67 (2014).
2

A promoter-level mammalian expression atlas

FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT)
Nature, 507(7493), 462-470 (2014).
3

An atlas of active enhancers across human cell types and tissues

Andersson R, Gebhard C, Miguel-Escalada I, Hoof I, Bornholdt J, Boyd M, Chen Y, Zhao X, Schmidl C, Suzuki T, Ntini E, Arner E, Valen E, Li K, Schwarzfischer L, Glatz D, Raithel J, Lilje B, Rapin N, Bagger FO, Jørgensen M, Andersen PR, Bertin N, Rackham O, Burroughs AM, Baillie JK, Ishizu Y, Shimizu Y, Furuhata E, Maeda S, Negishi Y, Mungall CJ, Meehan TF, Lassmann T, Itoh M, Kawaji H, Kondo N, Kawai J, Lennartsson A, Daub CO, Heutink P, Hume DA, Jensen TH, Suzuki H, Hayashizaki Y, Müller F; FANTOM Consortium, Forrest AR, Carninci P, Rehli M, Sandelin A.
Nature, 507(7493), 455-461 (2014).
4

Interactive visualization and analysis of large-scale sequencing datasets using ZENBU

Severin J, Lizio M, Harshbarger J, Kawaji H, Daub CO, Hayashizaki Y; FANTOM Consortium, Bertin N, Forrest AR.
Nat Biotechnol, 32(3), 217-219 (2014).
5

Long non-coding antisense RNA controls Uchl1 translation through an embedded SINEB2 repeat.

Carrieri C, Cimatti L, Biagioli M, Beugnet A, Zucchelli S, Fedele S, Pesce E, Ferrer I, Collavin L, Santoro C, Forrest AR, Carninci P, Biffo S, Stupka E, Gustincich S.
Nature, 491(7424), 454-457 (2012).
6

An atlas of combinatorial transcriptional regulation in mouse and man.

Ravasi T, Suzuki H, Cannistraci CV, Katayama S, Bajic VB, Tan K, Akalin A, Schmeier S, Kanamori-Katayama M, Bertin N, Carninci P, Daub CO, Forrest AR, Gough J, Grimmond S, Han JH, Hashimoto T, Hide W, Hofmann O, Kamburov A, Kaur M, Kawaji H, Kubosaki A, Lassmann T, van Nimwegen E, MacPherson CR, Ogawa C, Radovanovic A, Schwartz A, Teasdale RD, Tegnér J, Lenhard B, Teichmann SA, Arakawa T, Ninomiya N, Murakami K, Tagami M, Fukuda S, Imamura K, Kai C, Ishihara R, Kitazume Y, Kawai J, Hume DA, Ideker T, Hayashizaki Y.
Cell, 24(5), 744-752 (2010).
7

Induction of microRNAs, mir-155, mir-222, mir-424 and mir-503, promotes monocytic differentiation through combinatorial regulation.

Forrest AR, Kanamori-Katayama M, Tomaru Y, Lassmann T, Ninomiya N, Takahashi Y, de Hoon MJ, Kubosaki A, Kaiho A, Suzuki M, Yasuda J, Kawai J, Hayashizaki Y, Hume DA, Suzuki H.
Leukemia, 24(2), 460-466 (2010).
8

The regulated retrotransposon transcriptome of mammalian cells.

Faulkner GJ, Kimura Y, Daub CO, Wani S, Plessy C, Irvine KM, Schroder K, Cloonan N, Steptoe AL, Lassmann T, Waki K, Hornig N, Arakawa T, Takahashi H, Kawai J, Forrest AR, Suzuki H, Hayashizaki Y, Hume DA, Orlando V, Grimmond SM, Carninci P.
Nat Genet, 41(5), 563-571 (2009).
9

Tiny RNAs associated with transcription start sites in animals.

Taft RJ, Glazov EA, Cloonan N, Simons C, Stephen S, Faulkner GJ, Lassmann T, Forrest AR, Grimmond SM, Schroder K, Irvine K, Arakawa T, Nakamura M, Kubosaki A, Hayashida K, Kawazu C, Murata M, Nishiyori H, Fukuda S, Kawai J, Daub CO, Hume DA, Suzuki H, Orlando V, Carninci P, Hayashizaki Y, Mattick JS.
Nat Genet, 41(5), 572-5778 (2009).
10

The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line

FANTOM Consortium, Suzuki H, Forrest AR, van Nimwegen E, Daub CO, Balwierz PJ, Irvine KM, Lassmann T, Ravasi T, Hasegawa Y, de Hoon MJ, Katayama S, Schroder K, Carninci P, Tomaru Y, Kanamori-Katayama M, Kubosaki A, Akalin A, Ando Y, Arner E, Asada M, Asahara H, Bailey T, Bajic VB, Bauer D, Beckhouse AG, Bertin N, Björkegren J, Brombacher F, Bulger E, Chalk AM, Chiba J, Cloonan N, Dawe A, Dostie J, Engström PG, Essack M, Faulkner GJ, Fink JL, Fredman D, Fujimori K, Furuno M, Gojobori T, Gough J, Grimmond SM, Gustafsson M, Hashimoto M, Hashimoto T, Hatakeyama M, Heinzel S, Hide W, Hofmann O, Hörnquist M, Huminiecki L, Ikeo K, Imamoto N, Inoue S, Inoue Y, Ishihara R, Iwayanagi T, Jacobsen A, Kaur M, Kawaji H, Kerr MC, Kimura R, Kimura S, Kimura Y, Kitano H, Koga H, Kojima T, Kondo S, Konno T, Krogh A, Kruger A, Kumar A, Lenhard B, Lennartsson A, Lindow M, Lizio M, Macpherson C, Maeda N, Maher CA, Maqungo M, Mar J, Matigian NA, Matsuda H, Mattick JS, Meier S, Miyamoto S, Miyamoto-Sato E, Nakabayashi K, Nakachi Y, Nakano M, Nygaard S, Okayama T, Okazaki Y, Okuda-Yabukami H, Orlando V, Otomo J, Pachkov M, Petrovsky N, Plessy C, Quackenbush J, Radovanovic A, Rehli M, Saito R, Sandelin A, Schmeier S, Schönbach C, Schwartz AS, Semple CA, Sera M, Severin J, Shirahige K, Simons C, St Laurent G, Suzuki M, Suzuki T, Sweet MJ, Taft RJ, Takeda S, Takenaka Y, Tan K, Taylor MS, Teasdale RD, Tegnér J, Teichmann S, Valen E, Wahlestedt C, Waki K, Waterhouse A, Wells CA, Winther O, Wu L, Yamaguchi K, Yanagawa H, Yasuda J, Zavolan M, Hume DA; Riken Omics Science Center, Arakawa T, Fukuda S, Imamura K, Kai C, Kaiho A, Kawashima T, Kawazu C, Kitazume Y, Kojima M, Miura H, Murakami K, Murata M, Ninomiya N, Nishiyori H, Noma S, Ogawa C, Sano T, Simon C, Tagami M, Takahashi Y, Kawai J, Hayashizaki Y.
Nat Genet, 41(5), 553-562 (2009).

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メンバー  *:兼務

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